
Wtedy to ujawniły się publicznie jego lewitacje, którym towarzyszyły
inne dary mistyczne i które zaczęły ściągać do niego rzesze pobożnych i
ciekawskich. W czasie, gdy odwiedzał sąsiednie klasztory, zjawiskami
zaniepokoiło się wielu duchownych. Zaalarmowano więc inkwizycję
neapolitańską, która przeprowadziła badania (1636-1639). Józefa uznano
niewinnym, ale zażądano jego przeniesienia. Dlatego też w latach
1639-1653 Józef przebywał w Asyżu, dokąd tak bardzo pragnął się dostać,
chociaż nie spodziewał się, że trafi tam wskutek decyzji Św. Oficjum.
Przeniesiono go następnie do kapucynów eremitów w Pietrarubbii,
Fossombrone. Wreszcie w 1657 r. pozwolono mu wrócić do franciszkanów
konwentualnych w Osimie (niedaleko Ankony). Tam też zmarł 18 września
1663 r.
Mimo swego odosobnienia spełniał wiele dzieł apostolskich. Swoje
nawrócenie przypisywał mu Jan Fryderyk Saski, książę Brunszwiku i
Lüneburga. Maria Sabaudzka utrzymywała z
nim ciągłą korespondencję. Dla wielu Józef był żywym odzwierciedleniem
św. Franciszka z Asyżu. Teologowie widzieli w nim klasyczny przykład
mistyka obdarzonego darem lewitacji, którą stwierdzono u niego co
najmniej sto razy.
Beatyfikował go papież Benedykt XIV (1753), kanonizował zaś Klemens XIII
(1767). Józef z Kupertynu uchodzi m.in. za
patrona przystępujących do egzaminów.