
Wkrótce Filip zrezygnował z pomyślnej dla siebie okazji zdobycia zawodu i
majątku i udał się do Gaety. Po krótkim pobycie w tym mieście skierował
swoje kroki do Rzymu, gdzie miał pozostać do końca swego życia - a więc
przez ponad 60 lat (1534-1595).
Tam rozpoczął studia filozoficzne i teologiczne. Jednocześnie był
wychowawcą dwóch synów w domu zamożnego florentczyka, dzięki czemu miał
zapewniony byt. Prowadził życie modlitwy i umartwienia. W wolnym czasie
nawiedzał kościoły, sanktuaria i zabytki Wiecznego Miasta. Kiedy w roku
1544 w Zielone Święta znalazł się w katakumbach św. Sebastiana, które
były ulubionym miejscem jego wypraw, wpadł w ekstatyczny zachwyt:
poczuł, jak tajemnicza ręka wyciąga mu z boku dwa żebra, a jego serce,
podobne do ognistej kuli, groziło rozsadzeniem piersi. W tym czasie
Filip założył towarzystwo religijne pod nazwą "Bractwa Trójcy Świętej"
do obsługi pielgrzymów i chorych. Widział bowiem, jak te wielkie rzesze
pątników potrzebowały pomocy duchowej, a często i materialnej. Był to
rok 1548. Przez tę posługę zyskał sobie miano "Apostoła Rzymu".
Momentem przełomowym w życiu Filipa był rok 1551, kiedy to za namową
spowiednika przyjął święcenia kapłańskie. Miał już wtedy 36 lat. Jako
kapłan musiał być jednak przydzielony do jakiegoś kościoła. Zamieszkał
więc w konwikcie św. Hieronima della Carità w centrum Rzymu. Tu właśnie
dojrzało wielkie dzieło jego apostolskiego serca, Oratorium. Zrodziło
się ono z troski Filipa o poziom wiedzy religijnej penitentów, który w
owych czasach był bardzo niski. Początkowo w ciasnej izbie swojego
pokoju, potem w kaplicy konwiktu, Filip zaczął gromadzić kapłanów,
zakonników, mieszczan, kupców, artystów. Wspólna modlitwa, spotkania i
rozmowy osobiste, spowiedź, czytanie duchowe, konferencje i dyskusje na
aktualne tematy, rekolekcje - to program tych spotkań. Oratorium było
otwarte dla wszystkich ludzi dobrej woli. Filip organizował także
koncerty muzyczne oraz nabożeństwa, w czasie których śpiewane były
pieśni pochwalne w formie dialogów. Ta forma muzyczna
(wokalno-instrumentalna) przyjęła nazwę od miejsca pierwszych wykonań i
do dziś znana jest jako oratorium (szczególnym rodzajem oratorium jest
pasja).

W roku 1564 florentczycy oddali Filipowi w zarząd swój kościół pw. św.
Jana. Tu właśnie pozostali przy nim jego duchowi synowie, zwani potem
oratorianami czy też filipinami. Prowadzili życie wspólne, nie związani
wszakże żadnymi ślubami. Ta swoboda pozostała cechą
charakterystyczną oratorianów. Filip umiał swych duchowych synów
zainteresować nie tylko sprawami religijnymi i duchowymi, ale także
nauką i kulturą. W jego domu odbywały się więc koncerty muzyczne,
prelekcje o sztuce, archeologii i historii. Za datę założenia
oratorianów przyjmuje się rok 1565. Zatwierdził ich papież Grzegorz XIII
już w roku 1575. Regułę dla nowego zgromadzenia Filip napisał jednak
dopiero w roku 1583, na podstawie wielu lat doświadczenia i praktyki.
Nadawała ona poszczególnym kapłanom dużo swobody. Każdy dom był niezależny. Dopiero od roku 1942 Stolica Apostolska połączyła wszystkie
placówki w jeden, wspólny, ale bardzo luźny organizm.
Wkrótce pojawili się przeciwnicy poczynań Filipa. Oskarżyli oni go o to,
że sprzyja "nowinkom" niebezpiecznym dla wiary. Doszło do tego, że
surowy papież Paweł IV (+ 1559) zakazał mu na czas pewien działalności.
Kuria Rzymska odebrała mu nawet prawo do spowiadania, co równało się z
karą kościelnej suspensy. Kolejni papieże obdarzyli go jednak ponownie
zrozumieniem i odwołali ten zakaz.
Filip Neri był doradcą papieży i kierownikiem duchowym wielu
dostojników. Był jednym z najbardziej wesołych świętych. Zmarł
wyczerpany pracą na rękach swych duchowych synów 26 maja 1595 r. w noc
święta Bożego Ciała. Miał wcześniej podać godzinę swojej śmierci.
Pochowany został w kościele Santa Maria Chiesa Nuova w Rzymie.
Przekonanie o świętości kapłana było tak powszechne, że chociaż w owych
czasach zaczęto wprowadzać do procesów kanonizacyjnych coraz surowsze
wymagania, beatyfikacja sługi Bożego odbyła się już w 15 lat po jego
śmierci. Dokonał jej 11 maja 1610 r. papież Paweł V. W dwanaście lat
później papież Grzegorz XV dokonał jego kanonizacji (12 marca 1622 r.).
W ikonografii św. Filip przedstawiany jest jako mężczyzna w
średnim wieku, z krótką brodą, w sutannie i birecie. Jego atrybutem jest
lilia lub serce i lilia.