
Długie miesiące rekonwalescencji były dla niego okresem łaski i
gruntownej przemiany. Dla skrócenia czasu prosił o powieści rycerskie,
ale na zamku ich nie było. Podano mu więc książkę znaną w całym
średniowieczu, którą napisał bł. Jakub de Voragine - Złotą legendę. Bratowa podała mu ponadto Życie Jezusa
Ludolfa de Saksa. Gdy tylko Inigo wyzdrowiał (chociaż na nogę kulał
całe życie), opuścił rodzinny zamek i udał się do pobliskiego
sanktuarium maryjnego, Montserrat. Zdumionemu żebrakowi oddał swój
kosztowny strój rycerski. Przed cudownym wizerunkiem Maryi złożył swoją
broń. Stąd udał się do Manrezy, gdzie zamieszkał w celi, użyczonej mu
przez dominikanów. I tu jednak wydawało mu się, że ma za wiele wygód.
Dlatego zamieszkał w jednej z licznych grot. Aby zdławić w sobie
starego, próżnego, ambitnego człowieka, nie golił się ani nie strzygł,
pościł codziennie i biczował się, nie obcinał paznokci, nie nakrywał
głowy. Codziennie bywał u dominikanów na Mszy świętej. Oddawał się
modlitwie i rozważaniu Męki Pańskiej. Szatan dręczył go gwałtownymi
pokusami aż do myśli o samobójstwie. W takich zmaganiach powstał szkic
jego najważniejszego dzieła, jakim są Ćwiczenia duchowne. Formę ostateczną otrzymały one dopiero w 1540 roku. Były więc owocem 19 lat przemyśleń i kontemplacji.
Pragnąc nawiedzenia Ziemi Świętej i męczeństwa z rąk Turków, Ignacy
zupełnie wyczerpany z sił, po prawie rocznym pobycie w Manrezie, przez
Rzym i Wenecję udał się w pielgrzymkę. Żył z użebranych pieniędzy i
czynionych po drodze przysług. W 1523 r. dotarł szczęśliwie do celu.
Chciał tam pozostać do końca życia, dopiero w wyniku nalegań tamtejszego
legata papieskiego wrócił do kraju. W drodze był dwukrotnie więziony
pod zarzutem szpiegostwa. Po długiej podróży powrócił do Barcelony,
gdzie przez dwa lata uczył się języka łacińskiego. Nie wstydził się
zasiadać w ławie szkolnej z dziećmi, chociaż miał już wówczas 34 lata.
Potem udał się do Alkala, by na tamtejszym uniwersytecie studiować
filozofię. Wolny czas poświęcał nauczaniu prawd wiary prostych ludzi.
Mieszkał w szpitalu i utrzymywał się za posługę oddawaną chorym.
Jego żebraczy strój i niezwykły tryb życia wzbudziły u niektórych
nadgorliwców podejrzenie, czy przypadkiem Ignacy nie należy do sekty alumbrado,
która w tym czasie niepokoiła w Hiszpanii władze kościelne. Dostał się
nawet do więzienia, które było w posiadaniu Świętej Inkwizycji. Po
uwolnieniu z niego podążył do Salamanki, by na tamtejszym uniwersytecie
kontynuować swoje studia (1527). I tu inkwizycja go zauważyła - ponownie
trafił do więzienia. Przykre przesłuchania zniósł z radością dla Pana
Jezusa. Po uwolnieniu z więzienia, w którym był kilka tygodni, powrócił
do Barcelony, a stąd udał się do Paryża (1528). Miał już wówczas 37 lat.
Utrzymywał się znów z żebraniny. Dla uzbierania koniecznych opłat w
wolnych miesiącach udał się w charakterze żebraka do Belgii i Anglii.

Wszyscy skierowali swoje kroki do Wenecji, by stamtąd odpłynąć do Ziemi
Świętej, nawracać niewiernych i z ich ręki ponieść śmierć męczeńską. Do
pielgrzymki jednak nie doszło, gdyż Turcja prowadziła właśnie wojnę z
Wenecją. Udali się więc do Rzymu, aby przedstawić się papieżowi i oddać
się do jego dyspozycji. Paweł III przyjął ich życzliwie. Korzystając z
jego zachęty, wszyscy przyjęli święcenia kapłańskie (1536), oddali się
posłudze chorym w szpitalach i nauczaniu prawd wiary wśród dzieci.
Papież polecił, by Ignacy nakreślił szkic konstytucji nowego zakonu.
Ignacy uczynił to pod nazwą Formuła Instytutu. Papież po przejrzeniu jej zażądał, by napisać całe konstytucje. Po wielu przeszkodach Rzym zatwierdził je w 1540 roku.

Przez ostatnich 16 lat życia Ignacy był przykuty do swojego biurka i
rzadko opuszczał progi domu generalnego swego zakonu, by być zawsze do
dyspozycji duchowych synów. Nękany różnymi chorobami i dolegliwościami,
30 lipca 1556 roku zapowiedział swoją śmierć i poprosił o udzielenie mu
odpustu papieskiego. Współbracia zdziwili się. Kiedy zaś przypuszczali,
że mu jest lepiej, po wieczerzy odeszli od jego łoża. Gdy jednak
powrócili dnia następnego, Ignacy był już w agonii i zmarł na ich rękach
31 lipca 1556 r.
Pozostawił po sobie 7 tysięcy listów, zawierających nieraz cenne pouczenia duchowe, Opowiadanie pielgrzyma oraz Dziennik duchowy - świadectwo mistyki ignacjańskiej. W ewolucji chrześcijańskiej duchowości szczególne znaczenie mają Konstytucje
zakonu, w których zniósł obowiązek wspólnego odmawiania oficjum,
przestrzegania reguły klasztornej, nakazując w zamian praktykowanie
codziennej modlitwy myślnej, a liturgię wskazując jako źródło życia
duchowego. Szczególnie obfity owoc wydają do dziś Ćwiczenia duchowe
- pierwowzór rekolekcji. W swoim nauczaniu Ignacy przypominał, że
człowiek musi dokonać pewnego wysiłku, aby współpracować z Bogiem.

Zakon jezuitów odegrał szczególną rolę także w Polsce. Wydał między
innymi takie postaci, jak: św. Stanisław Kostka i św. Andrzej Bobola, św. Melchior Grodziecki oraz Jakub Wujek (tłumacz
pierwszej drukowanej Biblii w Polsce), Piotr Skarga Pawęski (wybitny
kaznodzieja), Maciej Sarbiewski (poeta zwany polskim Horacym),
Franciszek Bohomolec (ojciec komedii polskiej), Adam Naruszewicz
(biskup, historyk, poeta), Franciszek Kniaźnin (poeta), Jan Woronicz
(arcybiskup, prymas Królestwa Polskiego, poeta), Grzegorz Piramowicz
(sekretarz Komisji Edukacji Narodowej) i bł. Jan Beyzym (apostoł
trędowatych na Madagaskarze).
W ikonografii św. Ignacy przedstawiany jest w sutannie i birecie
lub w stroju liturgicznym z imieniem IHS na piersiach, niekiedy w stroju
rycerskim i w szatach pielgrzyma. Jego atrybutami są: księga; globus,
który popycha nogą; monogram Chrystusa - IHS; napis AMDG - Ad maiorem Dei gloriam - "Na większą chwałę Boga"; krucyfiks, łzy, serce w promieniach, smok, sztandar, zbroja.