Tomasz urodził się w 1486 r. w Fuenllana, w Kastylii, a dorastał w
Villanova de los Infantes - i to ta miejscowość widnieje w jego
przydomku. Był synem Tomasza Garcia, młynarza, i Lucii Martinez de
Castellanos. Rodzice wpoili mu bezinteresowną miłość do ubogich, dlatego
już w dzieciństwie chętnie dzielił się z uboższymi kolegami swoim
ubraniem i jedzeniem, chociaż jego rodzina nie należała do bogatych. W
celu kontynuowania nauki został wysłany do Alcala na uniwersytet świeżo
założony przez arcybiskupa Toledo - kard. Ximenesa. Szesnastoletni
Tomasz poświęcił się całkowicie studiom. W 1509 r. uzyskał stopień
magistra artium. W latach 1513-1516 był profesorem filozofii na tej uczelni.
W 1516 r. niespodziewanie porzucił uniwersytet i wstąpił do zakonu
augustianów w Salamance. W rok potem złożył śluby zakonne, a w 1518 r.
otrzymał święcenia kapłańskie. Już pierwsze kazanie ukazało jego
niezwykły dar głoszenia słowa Bożego. Był jednym z najznakomitszych
kaznodziejów swojego czasu. Król Karol V chętnie słuchał jego kazań i
często prosił go o radę. Chciał mianować go arcybiskupem Granady, lecz
Tomasz nie przyjął nominacji.
Od 1519 r. przez wiele lat pełnił różne funkcje w zakonie. Był przeorem
klasztorów w Salamance, Burgos i Valladolid, prowincjałem Zakonu w
Andaluzji (1527-29) i Kastylii (1534-1537).
Mimo znacznej odległości Hiszpanii od Włoch, Stolica Święta dowiedziała
się o niezwykłych zaletach umysłu i ducha Tomasza. W 1544 r. pod
posłuszeństwem został zmuszony do przyjęcia godności biskupa
archidiecezji walenckiej, która była jedną z najbogatszych, ale
jednocześnie najbardziej zaniedbanych diecezji Hiszpanii. Trafił w
miejsce, w którym od ponad 100 lat nie było żadnego rezydującego na
miejscu biskupa. Pierwszą czynnością nowego pasterza była wizytacja
parafii. Chciał poznać swoją diecezję, jej potrzeby oraz braki.
Doświadczenie wielu lat na urzędach zakonnych wykorzystał dla kierowania
wiernymi. Po przeprowadzeniu wizytacji archidiecezji przeprowadził
synod diecezjalny. Uchwały, jakie na nim zapadły, można uważać za
zapowiedź reform, jakie niebawem miały zapaść na Soborze Trydenckim w
latach 1545-1563.
Pełniąc urząd arcybiskupa, nadal pozostał prostym zakonnikiem. Do swej
nowej siedziby przy kościele katedralnym Tomasz przybył pieszo, w
starym, wielekroć łatanym habicie. Otrzymaną od kapituły katedralnej
dużą sumę pieniędzy na wyposażenie pałacu biskupiego przekazał ubogiemu
szpitalowi. Z pasją głosił kazania, udzielał nauk katechumenom, nauczał i
przestrzegał. Zawsze znaczne sumy przeznaczał na pomoc ubogim, a
szczególnie gorliwie opiekował się sierotami. Uposażał ubogie
dziewczęta, by mogły dobrze wyjść za mąż. Sam żył bardzo skromnie. Już
za życia był znany i czczony jako ojciec ubogich.
Nie zaniedbywał też innych problemów diecezji. Przywracał ład i
dyscyplinę. Natchnienie do swoich poczynań czerpał z doświadczenia i
pism św. Ambrożego, św. Augustyna i św. Grzegorza Wielkiego. W roku 1550
założył jedno z pierwszych w świecie kolegium-seminarium, by kształcić
kapłanów. Pamiętał również o swoim zakonie. Zakładał klasztory
augustiańskie w swojej archidiecezji. Wysyłał misjonarzy do Meksyku
(1549), a niedługo potem także do Peru (1551).
Tomasz z Villanova zmarł otoczony miłością wiernych w uroczystość
Narodzenia Najświętszej Marii Panny 8 września 1555 r. w Walencji i w
tamtejszym kościele augustianów jest pochowany. Przed śmiercią chorował,
ponieważ padł ofiarą zarazy. Trzeba było przynieść dla niego łóżko,
gdyż pełen miłosierdzia biskup wszystkie meble z własnego domu
porozdawał potrzebującym.
Jego kult był tak żywy, że w 1618 r. papież Paweł V wyniósł go do chwały
błogosławionych, a papież Aleksander VII w 1658 r. dokonał jego
uroczystej kanonizacji i założył parafię pod wezwaniem św. Tomasza z
Villanueva w Castelgandolfo we Włoszech, której jest patronem. Na jej terenie leżała letnia
rezydencja papieży. W Stanach Zjednoczonych, w mieście Villanova,
założony został uniwersytet katolicki pod patronatem Świętego. W 1661 r.
powstało zgromadzenie zakonne Sióstr Augustynianek św. Tomasza dla
posługi ubogim.
Relikwie św. Tomasza znajdowały się początkowo w klasztorze augustianów w
Walencji. Następnie przeniesiono je do tamtejszej katedry.
W muzeum w Sewilli znajduje się znany obraz Bartolomé Estebana Murillo
"Św. Tomasz z Vilanueva dający jałmużnę". Liczne kazania i krótkie
pisemka św. Tomasza zostały starannie wydane i są ważnym wkładem do
duchowej literatury Hiszpanii.
W ikonografii przedstawiany jest w szatach biskupich, w otoczeniu żebraków, z torbą, leczący chorych, oddający im swoje łoże.